1）冷凍干燥機必須使用獨立電源插座有良好接地。
2）冷凍干燥機須在環境溫度在5-30℃下工作，這樣有利于延長壓縮機壽命，壓機長期在30℃以上會造成壓縮機損壞。
3）制冷系統二次啟動，須在3分鐘之后，這樣有利于壓機壽命
4） 如果托盤及外掛凍干瓶同時使用，先放托盤物料，待半小時后制冷溫度為-50℃或-80℃、壓力為30mTorr時再外掛凍干瓶，以免使掛瓶物料融化
5）物料必須凍實，預凍溫度在-30℃以下，凍干樣品非水溶解物（如有機溶解物）或者為80％以上高濃度的糖類等不易結凍的樣品，須在-80℃以下的預凍室內預凍，預凍時間不小于24小時，在48小時以上。
6）有機玻璃凍干倉取下時，必須輕放在橡膠等柔軟物體上，以免有機玻璃受損而漏真空
7）所放物料的多少與環境溫度的高低有關，冷阱溫度在-55℃至-40℃或-85℃至-80℃及真空度在5-100mTorr均為正常。
8） 空氣回填時，請將通入真空回填氣體壓力調至0.5Kg以下。
9） 冷凍干燥機距墻面距離≥30cm。
10）禁止將其他散熱設備放在冷凍干燥機附近，造成制冷系統無法散熱，致使儀器不能工作及壓縮機損壞。
11）設備放置平穩后，將腳輪固定器按下。
12）操作前觀察真空泵油位及油質。
13）抽真將排水管堵上，適配器系統全部關閉，否則會造成真空泵損壞。
14）壓縮機及冷凝器翅片定期除塵。